1.粪便检查：为确诊的重要依据，典型阿米巴痢疾的粪便呈暗红色果酱样，有特殊的腥臭，粪质较多，含血及黏液，镜检可见大量黏液成团的红细胞和少量白细胞，据称可直接从粪便PCR法鉴别出两种内阿米巴。
2.血清学检查：应用阿米巴纯抗原可以作多种免疫血清学诊断试验，无症状排包囊者抗体检测为阴性，目前已应用重组抗原检测抗体，据报道其敏感性和特异性均在90%以上。
3.核酸检测：主要提取脓液或粪便培养物，活检的肠组织及脓血便的DNA，以适当的引物进行扩增反应，目前认为按溶组织内阿米巴编码分子量为29×103/30×103多胱氨酸抗原(又称peroxiredoxin)基因设计的引物最为良好的特异性和敏感性。
4.X线钡剂灌肠检查：病变部有充盈缺损，痉挛及壅塞现象。
