晚期常出现合并症，如慢性不全性肠梗阻，肠穿孔，内瘘形成，右下腹可及肿物，有时可产生直肠狭窄和肛门瘘管，可继发贫血，血浆白蛋白减少，低钙(低镁及低锌)血症，维生素D缺乏症，骨折，骨痛，胆固醇胆石症，草酸钙肾结石，输尿管梗阻，急性肾功能衰竭以及淀粉样变性等。
1.消化道出血 如前所述，如病变接近于肠道血管分支，且侵袭较深，可出现消化道隐性或显性失血，大出血者总量可达800～1000ml，但间断性小量出血者更多见。
2.消化道梗阻 主要原因是肠壁纤维增生，水肿，挛缩或肉芽肿等导致肠腔狭窄，或有肠襻间粘连压迫，或由于肠管内炎性息肉样病变隆起加之粪便团块阻塞等，国内资料认为出现消化道梗阻者可达66.7%。
3.消化道穿孔 由于本病侵犯胃肠道壁全层，易造成全壁严重损伤，裂隙状溃疡穿透后可形成慢性穿孔，与周围组织粘连，但极少出现急性穿孔或游离性穿孔。
4.脓肿形成 胃肠道急，慢性穿孔易并发腹腔感染，继之而肠腹壁间，肠襻间，肠系膜内，肝下，脾下，膈下等形成小脓肿，患儿表现高热，寒战，持续性腹痛或脓毒血症，一般多为革兰阴性杆菌感染。
5.瘘道形成 局限性回肠炎比其他肠道炎症性病变更易出现瘘道，原因如前述，多为肠襻间瘘道如小肠与乙状结肠间，其他也有肠与腹膜间，肠生殖器间，肛周与直肠间等。
6.其他 一些极少见的并发症不一一论述，有报道局限性回肠炎儿童发病将来伴发胃肠道癌的几率增加，但这并无定论。
7.营养不良 水，电解质失衡可致儿童缺钙，锌，镁等，小儿由于恐惧腹痛，腹泻等而形成厌食，更加重营养不良，低蛋白血症，贫血和多种维生素吸收不良；70%小儿可有乳糖吸收不良，但也有资料认为本病对营养状况及能量供应影响并不明显。
8.生长发育迟缓 由于营养状况及治疗药物的应用，慢性发育不良常见，骨骼发育迟缓，骨骺钙化不全，智力也可能有一定水平低下，但患儿体内生长激素水平并不低，此外，患儿也可能出现抑郁症等精神紊乱。
