临床上以腹痛、腹泻、腹块，瘘管形成和肠梗阻为特点。可伴有发热、贫血、营养障碍及关节、皮肤、眼，口腔粘膜、肝脏等肠外损害。
消化系统表现
腹痛：为最常见症状。常位于右下腹或脐周间歇性发作，常为痉挛性疼痛伴有肠鸣。餐后加重。排便后暂时缓解，如持续性腹痛，压痛明显，提示很贵炎症波及腹膜或腹腔住院内脓肿形成，全腹剧痛和腹肌紧张，可能是病变肠段急性穿孔所致。
腹泻：为常见症状，由病变肠段炎症渗出，蠕动增加及继发性吸收不良引起，腹泻开始为间歇性发作，病程后期为持续性。糊状便，一般无脓血或粘液，病变涉及结肠下段或直肠者可有粘液血便及里急后重。
腹部肿块：由于肠粘连，肠壁与肠系膜增厚、肠系膜淋巴结肿大、内瘘或局部脓肿形成所致。以右下腹与脐周为多见。
瘘管形成：因透壁性炎性病变穿透肠壁全层至肠外组织或器官而形成瘘管。内瘘可通向其他肠段、肠系膜、膀胱、输尿管、阴道、腹膜后等处。瘘管形成是Crohn病大把临床特征之一。
肛门直肠周围病变：部分病人有肛门直肠周围瘘管脓肿形成及肛裂等病变。
全身表现
发热：常见间歇性低热或中等度，少数呈弛张高热伴毒血症，发热系由于肠道活动或继发感染引起。
营养障碍：消瘦、贫血、低蛋白血症、维生素缺乏、缺钙致骨质疏松等。因慢性腹泻、食欲减退及慢性消耗等所致。急性发作期有水电解质紊乱。
肠外表现
部分病人有杵状指、关节炎、虹膜睫状体炎、葡萄膜炎、结节性红斑、坏疽性脓皮病、口腔黏膜溃疡、小胆管周围炎、硬化性胆管炎、慢性帮助肝炎等。偶见淀粉样变性或血栓栓塞性疾病。
