食物中含锌不足为锌缺乏的主要原因，母乳中锌的生物利用率比牛乳或大豆蛋白高，推测这与母乳中一种低分子量成分有关，母乳中的蛋白质与锌结合，被认为比牛乳(蛋白质主要为酪蛋白)更容易消化吸收，人工喂养，未及时添，也可导致锌缺乏。动物性食物不仅含锌丰富而且易于吸收，植物性食物含锌少，故素食者或不喜食动物性食物者容易缺锌。全胃肠道外营养如未加锌也可致严重缺锌。
如患有消化系统疾病，如慢性腹泻，慢性痢疾，胆囊纤维化，肠道感染等疾病，均可减少锌的吸收，谷类食物中含植酸盐或纤维素，可造成锌的吸收不良，当食物中其他二价离子过多，也可影响锌的吸收。
在生长发育迅速阶段的婴儿，或组织修复过程中，或营养不良恢复期等皆可发生锌需要量增多，而发生相对的锌缺乏。
钩虫病，疟疾可造成反复失血，溶血，引起锌的丢失，外伤，烧伤和手术时，因血锌动员到创伤组织处利用，造成血锌降低，大量出汗也会造成锌的丢失过多。
长期感染，发热时的锌需要量增加，同时食欲减退，如不及时补充，则导致锌缺乏，此外，遗传性的吸收障碍性疾病，肠病性肢端皮炎也可引起锌吸收不良。
一些药物如长期使用金属螯合剂(如青霉胺，四环素，EDTA等)，可降低锌的吸收率及生物活性，这些金属螯合剂与锌结合从肠道排出体外，造成锌的缺乏。
发病机制
1.蛋白质合成障碍
锌参与了多种蛋白质，核酸合成和分解代谢酶的活性和构成，因此锌可促进小儿的生长发育，缺锌会引起生长缓慢，影响细胞分裂，生长和再生，实验证明，缺锌48h后，会出现蛋白质合成障碍，细胞分裂，生长受到干扰，特别是围生儿，需要足量的锌才能保证正常发育，儿童期如严重缺锌，则至身材矮小，甚至成为侏儒。
2.免疫功能受损
锌能促进免疫功能，缺锌者导致免疫功能受损，实验证明锌摄入量减少引起动物胸腺萎缩，T细胞功能下降，最近的干预实验提示锌可改善营养不良儿童的各项免疫指标(如T细胞亚群)，如给小儿不包括适量锌的完全肠外营养支持(TPN) ，其自然杀伤细胞的活性降低，锌可增加周围血单核细胞合成干扰素γ白介素1和6，肿瘤坏死因子(TNF)α和白介素2受体，以及刀豆蛋白A刺激的细胞增殖，生理水平的锌可调控这些免疫调节因子的分泌和产生，这在单核细胞活化时是非常重要的，锌可能是胸腺素结构和活性所需要的，胸腺素是血浆中的一种含有9个氨基酸的多肽，可刺激T细胞的发育。
3.食欲减退
锌能促进食欲，缺锌的小儿会出现食欲减退，厌食，这种与锌有关的厌食机制是较为复杂的，可能的机制包括与释放鸦片样物质，胆囊收缩素或作用于大脑或小肠的神经肽Y有关。
4.内分泌腺功能改变
锌极易与胰岛素形成复合物，延迟和延长其降血糖作用，在细胞水平上，锌可能与胰岛素的释放有关，实验证明，缺锌的动物性腺发育不良，可能与垂体促性腺激素的分泌减少或睾酮生成障碍有关，其他多种激素如雌激素，甲状腺素，甲状旁腺素等分泌的改变也均对血锌的浓度产生影响。
