诊断：
1,病史中具有能引起肠道菌群失调的原发性疾病。
2.有肠道菌群失调的临床表现，如腹泻、腹胀、腹痛、腹部不适等症状。
3.有肠道菌群失调的实验室证据(1)粪便镜检球/杆菌比紊乱(成人参考值为1:3).但正常参考值各家报道不一(2)粪便培养中计算B/E值小于1。(3)粪便菌群图片或培养中，非正常细菌明显增多，甚至占绝对优势。
上述(1)与(2)项可作为临床诊断依据，为诊断肠道菌群失调所必须条件，如在实验室检查中出现任何一项阳性即可基本诊断本病，如实验室检查出现阳性机会越多，则诊断越可靠。
鉴别诊断：
本病需注意与其他原因引起的腹泻相鉴别，菌群培养可以鉴定肠道致病菌的种类。
腹泻是一种常见症状，俗称“拉肚子”，是指排便次数明显超过平日习惯的频率，粪质稀薄，水分增加，每日排便量超过200g，或含未消化食物或脓血、黏液。腹泻常伴有排便急迫感、肛门不适、失禁等症状。腹泻分急性和慢性两类。急性腹泻发病急剧，病程在2～3周之内。慢性腹泻指病程在两个月以上或间歇期在 2～4周内的复发性腹泻。
