肠道菌群失调的原发病的各种症状，并在原发病的基础上出现腹泻、腹胀、腹痛、腹部不适。少数伴发热、恶心、呕吐，并产生水、电解质紊乱、低蛋白血症。腹泻为肠道菌群失调的主要症状，大多发生于抗生素治疗过程中，少数见于停用后。轻者每天2-3次稀便，短期内可转为正常；重者多为水样泻或带粘液。可达每日数十次，且持续时间较长。
在应用抗生素治疗过程中，如突然发生腹泻，或原有腹泻加重，即有可能发生本症，腹泻多为淡黄绿色水样便，有时如蛋花样，真菌感染可呈泡沫样稀便，有腥臭味，脓血便；葡萄球菌感染可排黄绿色稀便，每日3～20余次，伴有腹胀，腹痛一般不著，吐泻严重者可伴有脱水，电解质紊乱，血尿素氮升高，血压下降；白色念珠菌感染一般多从上消化道开始，蔓延到小肠甚至肛周，鹅口疮常是白色念珠菌肠炎最早的信号，如小肠粘膜糜烂或溃疡可引起多次的无臭粘液脓性粪便，有时可呈水泻，伴有消化不良，如治疗不及时，可扩散至呼吸道，泌尿道甚至脑组织；绿脓杆菌感染能产生蓝绿色荧光素使粪便带绿色，但并不经常引起腹泻，个别病例粪便中有粉一般腹痛轻，少数伴恶心，呕吐，多有水，电解质紊乱，重症可发生休克，有些旅游者可能因气候和环境的改变而发生肠道菌丛失调俗称水土不服，近年来，由于冰箱的普及使用，有的家庭储存大量的肉食品及疏莱，过久的储存使食物变质，食用后引起肠道菌群失调，造成呕吐，腹泻，有地出现精神不集中甚至精神恍惚。
临床上肠道菌群失调可分为轻度、中度和重度三型。
轻度：为潜伏型，菌群失调较轻，只能从细菌定量上发现变化，临床上常无不适或有轻微排便异常。为可逆性改变，即去除病因后，不经治疗也可恢复。
中度：临床主要症状为慢性腹泻，类似慢性肠炎、慢性痢疾、溃疡性结肠炎等。一般不能自然恢复，即使消除诱因，仍保持原来的菌群失调状态，需治疗后才能纠正。
重度：肠道的原籍菌大部分被抑制，而少数菌种过度繁殖，占绝对优势，例如伪膜性肠炎。重度肠道菌群失调的患者必须及时积极治疗。
临床常见肠道菌群失调症状类型如下：
1、白色念珠菌性肠炎：是肠道菌群失调症最常见的一种，多见于瘦弱的婴儿，消化不良，营养不良，糖尿病，恶性肿瘤，长期应用抗生素或激素的患者。
2、葡萄球菌性肠炎：多见于长期应用抗生素（四环素类，氨苄青霉素等），肾上腺皮质激素和进行肠道手术的老年患者或慢性病患者。
3、产气荚膜杆菌性急性坏死性肠炎：产气荚膜杆菌所产生的β霉素可引起急性坏死性肿瘤，消耗性疾病，以及使用抗生素，皮质激素等情况下最易发生感染。
4、绿脓杆菌肠道感染：绿脓杆菌为条件致病菌，常为继发感染，在婴幼儿，老人，某些恶性肿瘤，消耗性疾病，以及使用抗生素，皮质激素等情况下最易发生感染。
5、变形杆菌肠道感染：变表杆菌在一定条件下可为条件致病菌，如普通杆菌，奇异杆菌，摩根氏变形杆菌均可引起食物中毒，无恒变形杆菌可引起婴幼儿夏季腹泻。
6、肺炎杆菌肠道感染：当机体抵抗力降低或其他原因，正常寄生在肠道的肺炎杆菌可引起感染，特别是小儿的严重腹泻。
