1.积极治疗原发病，纠正可能的诱发因素 如治疗各种肠道感染性疾病、代谢综合征、结蹄组织病、改善肝肾功能受损的慢性疾病，避免滥用抗生素，对年老体弱、慢性消耗性疾病者，必须使用抗生素或者激素时，严格掌握适应症，最好能作药物敏感试验，选择最敏感的抗生素。对老、细及病后体弱者，在用抗生素的同时并配合使用乳酸菌素或双岐杆菌活菌制剂及维生素B族或维生素C等。以保护肠道正常菌群。处理好各种创伤、围手术期的治疗工作，不治愈原发病，既难以防止肠道菌群失调的发生，发生后也不易纠正。
2.调整机体的免疫功能和营养不良状态 健康机体的原生菌能防止外来菌的入侵，但在饥饿、营养不良、免疫功能低下等情况下，为肠道菌群失调的发生创造了条件，因而营养支持、提高机体免疫力对本病的预防有积极的意义。
