一、菌群分析：为主要检查方法，有定性分析和定量分析2种。
1、定性分析：以直接涂片法为主。直接涂片法是目前广泛采用的分析方法，由于所需设备简单，操作简便，耗时短，适宜临床应用。该方法是通过显微镜观察革兰染色粪便涂片的菌群像，估计细菌总数、球菌与杆菌比例，革兰阳性菌与革兰阴性菌的比例，结合各种细菌的形态特点、有无特殊形态细菌增多等，当非正常细菌明显增多（如酵母菌、葡萄球菌和艰难梭菌），甚至占绝对优势时可能会引起严重的伪膜性肠炎和真菌性肠炎，应引起高度重视。葡萄球菌炎粪便涂片革兰氏染色可发现成堆的阳性葡萄球及中性多形核细胞，粪便培养可有大量葡萄球菌生长，白色念珠菌性肠炎可采取其病理材料直接涂片，经氢氧化钾溶液处理并革兰氏染色，镜检可见成簇的卵圆形白色念珠菌，革兰氏染色阳性，细胞内着色不均匀，细菌培养可形成奶油色表面光滑细菌样落，带有酵母气味，但除三度比例失调（即菌群交替症）能检出外，其他比例失高则难以分析，因此，除定性检查外，尚需进一步作定量检查，以判断数值是否正常。
2、定量检查：定量检查以细菌培养为主（需氧菌和厌氧菌培养）。培养法是将新鲜粪便直接接种于多种不同的培养基上，对生长出来的菌落进行菌种鉴定，通过控制接种粪便重量的方法可以对肠道菌群进行定量培养。将每种细菌的数量与参考值进行比较，或计算双歧杆菌/肠杆菌（B/E）值，即可评估肠道菌群的情况。B/E值大于1表示肠道菌群组成正常，B/E值小于1表示肠道菌群失调，B/E值越低，提示菌群失调越严重。
有条件的单位可选择下列检查，更有助于肠道菌群失调的诊断。1.以小亚基RNA/DNA为基础的分子生物学技术对肠道菌群失调诊断有较高的价值。2.粪便中应用指纹技术检测肠道菌群，如肠杆菌基因重复一致序列PCR指纹图动态检测。3.通过对人体的尿液、血液等生物体液和活检组织的代谢组学特征分析，经模式识别处理，可以得到具有正常菌群和菌群失调的早期诊断和病程监控效力的生物标识物。
二、结肠镜检查：中重度的肠道菌群失调结肠镜下可见肠粘膜呈弥漫性充血，水肿，血管分支模糊不清或消失，有散在的糜烂溃疡及出血，有时可见黄色假膜附着。
